SMTL ID : 4oq8.2 (4 other biounits)

Satellite Tobacco Mosaic Virus Refined to 1.4 A Resolution using icosahedral constraints

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.45 Å

Oligo State

homo-pentamer

Ligands

5 x U- U: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')(Non-covalent)

U-U.1: 5 residues within 4Å: Chain A: R.125, R.131 Chain C: U.8, U.9 Chain F: U.5 3 PLIP interactions: 3 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:T.36, A:T.36 Water bridges: A:V.38 U-U.6: 5 residues within 4Å: Chain D: R.125, R.131 Chain F: U.8, U.9 Chain I: U.5 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U.11: 5 residues within 4Å: Chain G: R.125, R.131 Chain I: U.8, U.9 Chain L: U.5 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U.16: 5 residues within 4Å: Chain J: R.125, R.131 Chain L: U.8, U.9 Chain O: U.5 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U.21: 5 residues within 4Å: Chain C: U.5 Chain M: R.125, R.131 Chain O: U.8, U.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available

5 x PO4: PHOSPHATE ION(Non-functional Binders)

PO4.2: 24 residues within 4Å: Chain A: N.115, N.117 Chain D: N.115, N.117 Chain G: N.115, N.117 Chain J: N.115, N.117 Chain M: N.115, N.117 Ligands: SO4.3, MG.5, PO4.7, SO4.8, MG.10, PO4.12, SO4.13, MG.15, PO4.17, SO4.18, MG.20, PO4.22, SO4.23, MG.25 11 PLIP interactions: 2 interactions with chain A, 2 interactions with chain G, 2 interactions with chain J, 2 interactions with chain D, 3 interactions with chain M Hydrogen bonds: A:N.115, A:N.117, G:N.115, G:N.117, J:N.115, J:N.117, D:N.115, D:N.117, M:N.115, M:N.115, M:N.117 PO4.7: 24 residues within 4Å: Chain A: N.115, N.117 Chain D: N.115, N.117 Chain G: N.115, N.117 Chain J: N.115, N.117 Chain M: N.115, N.117 Ligands: PO4.2, SO4.3, MG.5, SO4.8, MG.10, PO4.12, SO4.13, MG.15, PO4.17, SO4.18, MG.20, PO4.22, SO4.23, MG.25 11 PLIP interactions: 2 interactions with chain A, 3 interactions with chain G, 2 interactions with chain J, 2 interactions with chain D, 2 interactions with chain M Hydrogen bonds: A:N.115, A:N.117, G:N.115, G:N.115, G:N.117, J:N.115, J:N.117, D:N.115, D:N.117, M:N.115, M:N.117 PO4.12: 24 residues within 4Å: Chain A: N.115, N.117 Chain D: N.115, N.117 Chain G: N.115, N.117 Chain J: N.115, N.117 Chain M: N.115, N.117 Ligands: PO4.2, SO4.3, MG.5, PO4.7, SO4.8, MG.10, SO4.13, MG.15, PO4.17, SO4.18, MG.20, PO4.22, SO4.23, MG.25 10 PLIP interactions: 2 interactions with chain A, 2 interactions with chain G, 2 interactions with chain J, 2 interactions with chain D, 2 interactions with chain M Hydrogen bonds: A:N.115, A:N.117, G:N.115, G:N.117, J:N.115, J:N.117, D:N.115, D:N.117, M:N.115, M:N.117 PO4.17: 24 residues within 4Å: Chain A: N.115, N.117 Chain D: N.115, N.117 Chain G: N.115, N.117 Chain J: N.115, N.117 Chain M: N.115, N.117 Ligands: PO4.2, SO4.3, MG.5, PO4.7, SO4.8, MG.10, PO4.12, SO4.13, MG.15, SO4.18, MG.20, PO4.22, SO4.23, MG.25 10 PLIP interactions: 2 interactions with chain A, 2 interactions with chain G, 2 interactions with chain J, 2 interactions with chain D, 2 interactions with chain M Hydrogen bonds: A:N.115, A:N.117, G:N.115, G:N.117, J:N.115, J:N.117, D:N.115, D:N.117, M:N.115, M:N.117 PO4.22: 24 residues within 4Å: Chain A: N.115, N.117 Chain D: N.115, N.117 Chain G: N.115, N.117 Chain J: N.115, N.117 Chain M: N.115, N.117 Ligands: PO4.2, SO4.3, MG.5, PO4.7, SO4.8, MG.10, PO4.12, SO4.13, MG.15, PO4.17, SO4.18, MG.20, SO4.23, MG.25 12 PLIP interactions: 2 interactions with chain J, 2 interactions with chain M, 2 interactions with chain D, 4 interactions with chain A, 2 interactions with chain G Hydrogen bonds: J:N.115, J:N.117, M:N.115, M:N.117, D:N.115, D:N.117, A:N.115, A:N.115, A:N.115, A:N.117, G:N.115, G:N.117

10 x SO4: SULFATE ION(Non-functional Binders)

SO4.3: 15 residues within 4Å: Chain A: N.117 Chain D: I.116, N.117 Chain G: N.117 Chain J: N.117 Chain M: N.117 Ligands: PO4.2, PO4.7, SO4.8, PO4.12, SO4.13, PO4.17, SO4.18, PO4.22, SO4.23 5 PLIP interactions: 1 interactions with chain D, 1 interactions with chain G, 1 interactions with chain M, 1 interactions with chain A, 1 interactions with chain J Hydrogen bonds: D:N.117, G:N.117, M:N.117, A:N.117, J:N.117 SO4.4: 2 residues within 4Å: Chain A: F.93, R.95 7 PLIP interactions: 7 interactions with chain A Water bridges: A:S.49, A:S.49, A:G.50, A:G.50, A:R.95, A:R.144 Salt bridges: A:R.95 SO4.8: 15 residues within 4Å: Chain A: N.117 Chain D: N.117 Chain G: I.116, N.117 Chain J: N.117 Chain M: N.117 Ligands: PO4.2, SO4.3, PO4.7, PO4.12, SO4.13, PO4.17, SO4.18, PO4.22, SO4.23 5 PLIP interactions: 1 interactions with chain G, 1 interactions with chain M, 1 interactions with chain A, 1 interactions with chain J, 1 interactions with chain D Hydrogen bonds: G:N.117, M:N.117, A:N.117, J:N.117, D:N.117 SO4.9: 2 residues within 4Å: Chain D: F.93, R.95 7 PLIP interactions: 7 interactions with chain D Water bridges: D:S.49, D:S.49, D:G.50, D:G.50, D:R.95, D:R.144 Salt bridges: D:R.95 SO4.13: 15 residues within 4Å: Chain A: N.117 Chain D: N.117 Chain G: N.117 Chain J: I.116, N.117 Chain M: N.117 Ligands: PO4.2, SO4.3, PO4.7, SO4.8, PO4.12, PO4.17, SO4.18, PO4.22, SO4.23 5 PLIP interactions: 1 interactions with chain G, 1 interactions with chain M, 1 interactions with chain A, 1 interactions with chain J, 1 interactions with chain D Hydrogen bonds: G:N.117, M:N.117, A:N.117, J:N.117, D:N.117 SO4.14: 2 residues within 4Å: Chain G: F.93, R.95 7 PLIP interactions: 7 interactions with chain G Water bridges: G:S.49, G:S.49, G:G.50, G:G.50, G:R.95, G:R.144 Salt bridges: G:R.95 SO4.18: 15 residues within 4Å: Chain A: N.117 Chain D: N.117 Chain G: N.117 Chain J: N.117 Chain M: I.116, N.117 Ligands: PO4.2, SO4.3, PO4.7, SO4.8, PO4.12, SO4.13, PO4.17, PO4.22, SO4.23 5 PLIP interactions: 1 interactions with chain G, 1 interactions with chain M, 1 interactions with chain A, 1 interactions with chain J, 1 interactions with chain D Hydrogen bonds: G:N.117, M:N.117, A:N.117, J:N.117, D:N.117 SO4.19: 2 residues within 4Å: Chain J: F.93, R.95 7 PLIP interactions: 7 interactions with chain J Water bridges: J:S.49, J:S.49, J:G.50, J:G.50, J:R.95, J:R.144 Salt bridges: J:R.95 SO4.23: 15 residues within 4Å: Chain A: I.116, N.117 Chain D: N.117 Chain G: N.117 Chain J: N.117 Chain M: N.117 Ligands: PO4.2, SO4.3, PO4.7, SO4.8, PO4.12, SO4.13, PO4.17, SO4.18, PO4.22 5 PLIP interactions: 1 interactions with chain M, 1 interactions with chain D, 1 interactions with chain G, 1 interactions with chain A, 1 interactions with chain J Hydrogen bonds: M:N.117, D:N.117, G:N.117, A:N.117, J:N.117 SO4.24: 2 residues within 4Å: Chain M: F.93, R.95 7 PLIP interactions: 7 interactions with chain M Water bridges: M:S.49, M:S.49, M:G.50, M:G.50, M:R.95, M:R.144 Salt bridges: M:R.95

5 x MG: MAGNESIUM ION(Non-covalent)

MG.5: 14 residues within 4Å: Chain A: N.115 Chain D: N.115 Chain G: N.115 Chain J: N.115 Chain M: N.115 Ligands: PO4.2, PO4.7, MG.10, PO4.12, MG.15, PO4.17, MG.20, PO4.22, MG.25 No protein-ligand interaction detected (PLIP) MG.10: 14 residues within 4Å: Chain A: N.115 Chain D: N.115 Chain G: N.115 Chain J: N.115 Chain M: N.115 Ligands: PO4.2, MG.5, PO4.7, PO4.12, MG.15, PO4.17, MG.20, PO4.22, MG.25 No protein-ligand interaction detected (PLIP) MG.15: 14 residues within 4Å: Chain A: N.115 Chain D: N.115 Chain G: N.115 Chain J: N.115 Chain M: N.115 Ligands: PO4.2, MG.5, PO4.7, MG.10, PO4.12, PO4.17, MG.20, PO4.22, MG.25 No protein-ligand interaction detected (PLIP) MG.20: 14 residues within 4Å: Chain A: N.115 Chain D: N.115 Chain G: N.115 Chain J: N.115 Chain M: N.115 Ligands: PO4.2, MG.5, PO4.7, MG.10, PO4.12, MG.15, PO4.17, PO4.22, MG.25 No protein-ligand interaction detected (PLIP) MG.25: 14 residues within 4Å: Chain A: N.115 Chain D: N.115 Chain G: N.115 Chain J: N.115 Chain M: N.115 Ligands: PO4.2, MG.5, PO4.7, MG.10, PO4.12, MG.15, PO4.17, MG.20, PO4.22 No protein-ligand interaction detected (PLIP)

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Larson, S.B. et al., Satellite tobacco mosaic virus refined to 1.4 angstrom resolution. Acta Crystallogr.,Sect.D (2014)

Release Date

2014-09-10

Peptides

Coat protein: ADGJM

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

D
A

G
A

J
A

M
A

Coat protein

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