- Coordinates
- PDB Format
- Method
- X-RAY DIFFRACTION 1.80 Å
- Oligo State
- homo-20-mer
- Ligands
- 13 x CL: CHLORIDE ION(Non-functional Binders)
- 8 x MG: MAGNESIUM ION(Non-covalent)
MG.2: 10 residues within 4Å:- Chain A: T.82, L.84, T.85, P.86, S.92, T.118, R.119, A.120, C.147
- Chain B: Y.91
4 PLIP interactions:1 interactions with chain B, 3 interactions with chain A- Metal complexes: B:Y.91, A:T.82, A:L.84, A:S.92
MG.6: 3 residues within 4Å:- Chain E: R.95, E.108, E.110
2 PLIP interactions:2 interactions with chain E- Metal complexes: E:E.108, E:E.110
MG.8: 10 residues within 4Å:- Chain H: T.82, L.84, T.85, P.86, S.92, T.118, R.119, A.120, C.147
- Chain I: Y.91
3 PLIP interactions:2 interactions with chain H, 1 interactions with chain I- Metal complexes: H:T.82, H:S.92, I:Y.91
MG.11: 6 residues within 4Å:- Chain K: P.86, S.92, A.113, N.115, I.116, T.118
3 PLIP interactions:3 interactions with chain K- Metal complexes: K:S.92, K:I.116, K:T.118
MG.13: 7 residues within 4Å:- Chain P: P.86, Y.91, S.92, A.113, N.115, I.116, T.118
3 PLIP interactions:3 interactions with chain P- Metal complexes: P:S.92, P:I.116, P:T.118
MG.15: 5 residues within 4Å:- Chain T: T.82, L.84, S.92, C.147
- Chain X: Y.91
4 PLIP interactions:1 interactions with chain X, 3 interactions with chain T- Metal complexes: X:Y.91, T:T.82, T:L.84, T:S.92
MG.19: 5 residues within 4Å:- Chain 3: T.82, L.84, S.92, C.147
- Chain 6: Y.91
4 PLIP interactions:3 interactions with chain 3, 1 interactions with chain 6- Metal complexes: 3:T.82, 3:L.84, 3:S.92, 6:Y.91
MG.22: 7 residues within 4Å:- Chain 0: Y.91
- Chain 6: T.82, L.84, T.85, P.86, S.92, C.147
4 PLIP interactions:3 interactions with chain 6, 1 interactions with chain 0- Metal complexes: 6:T.82, 6:L.84, 6:S.92, 0:Y.91
- 4 x PO4: PHOSPHATE ION(Non-functional Binders)
PO4.5: 10 residues within 4Å:- Chain A: N.115, N.117
- Chain B: N.115, N.117
- Chain C: N.115, N.117
- Chain D: N.115, N.117
- Chain N: N.115, N.117
11 PLIP interactions:3 interactions with chain A, 2 interactions with chain B, 2 interactions with chain C, 2 interactions with chain D, 2 interactions with chain N- Hydrogen bonds: A:N.115, A:N.115, A:N.117, B:N.115, B:N.117, C:N.115, C:N.117, D:N.115, D:N.117, N:N.115, N:N.117
PO4.9: 11 residues within 4Å:- Chain E: N.115, N.117
- Chain K: N.115, N.117
- Chain P: N.115, N.117
- Chain T: N.115, N.117
- Chain X: N.115, N.117
- Ligands: CL.12
12 PLIP interactions:2 interactions with chain P, 3 interactions with chain X, 3 interactions with chain K, 2 interactions with chain E, 2 interactions with chain T- Hydrogen bonds: P:N.115, P:N.117, X:N.115, X:N.115, X:N.117, K:N.115, K:N.115, K:N.117, E:N.115, E:N.117, T:N.115, T:N.117
PO4.16: 11 residues within 4Å:- Chain G: N.115, N.117
- Chain H: N.115, N.117
- Chain I: N.115, N.117
- Chain O: N.115, N.117
- Chain V: N.115, N.117
- Ligands: CL.18
12 PLIP interactions:2 interactions with chain H, 2 interactions with chain O, 3 interactions with chain G, 3 interactions with chain I, 2 interactions with chain V- Hydrogen bonds: H:N.115, H:N.117, O:N.115, O:N.117, G:N.115, G:N.115, G:N.117, I:N.115, I:N.115, I:N.117, V:N.115, V:N.117
PO4.20: 10 residues within 4Å:- Chain 0: N.115, N.117
- Chain 3: N.115, N.117
- Chain 6: N.115, N.117
- Chain F: N.115, N.117
- Chain b: N.115, N.117
13 PLIP interactions:2 interactions with chain 3, 3 interactions with chain 6, 3 interactions with chain F, 3 interactions with chain b, 2 interactions with chain 0- Hydrogen bonds: 3:N.115, 3:N.117, 6:N.115, 6:N.115, 6:N.117, F:N.115, F:N.115, F:N.117, b:N.115, b:N.115, b:N.117, 0:N.115, 0:N.117
- Links
- RCSB PDBe PDBe-KB PDBj PDBsum CATH PLIP
- Citation
- McPherson, A., Structures of additional crystal forms of Satellite tobacco mosaic virus grown from a variety of salts. Acta Crystallogr.,Sect.F (2021)
- Release Date
- 2021-12-15
- Peptides
- Coat protein: ABCDEFGHIKNOPTVX036b
- SMTL:PDB
- SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:A
AB
BC
CD
EE
JF
MG
HHH
III
JJK
FXN
DO
KKP
GT
HV
GGX
I0
L3
O6
Kb
NN
SMTL ID : 7m2v.1
Crystallographic Structure of the Rhombohedral Crystal Form of STMV Grown from Chloride
Coat protein
Toggle Identical (BH) Toggle Identical (CDFIKNOPTVX036b)Related Entries With Identical Sequence
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