SMTL ID : 4nia.1

Satellite Tobacco Mosaic Virus Refined at room temperature to 1.8 A Resolution using NCS Restraints

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.82 Å

Oligo State

homo-15-mer

Ligands

15 x U- U: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')(Non-covalent)

U-U.1: 11 residues within 4Å: Chain A: R.125, R.131 Chain C: U.8, U.9 Chain O: U.5 Chain Q: A.5 Chain g: N.16, S.17, I.23 Chain h: A.8, A.9 7 PLIP interactions: 3 interactions with chain 1, 2 interactions with chain A, 2 interactions with chain P Hydrophobic interactions: 1:T.21, A:V.38, P:V.38, P:V.38 Hydrogen bonds: 1:N.16, 1:S.17, 1:N.18, A:T.36, 1:N.16, A:T.36 Water bridges: 1:V.19, A:V.38, P:V.38, 1:N.18, 1:N.18, A:V.38 U-U.2: 6 residues within 4Å: Chain C: U.5 Chain D: R.125, R.131 Chain F: U.8, U.9 Chain h: A.5 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain g Hydrophobic interactions: g:V.38, g:V.38 Hydrogen bonds: g:T.36, g:T.36, g:T.36 Water bridges: g:V.38, g:T.36, g:V.38 U-U.3: 5 residues within 4Å: Chain F: U.5 Chain G: R.125, R.131 Chain I: U.8, U.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U.4: 5 residues within 4Å: Chain I: U.5 Chain J: R.125, R.131 Chain L: U.8, U.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U.5: 10 residues within 4Å: Chain L: U.5 Chain M: R.125, R.131 Chain O: U.8, U.9 Chain P: N.16, S.17, I.23 Chain Q: A.8, A.9 8 PLIP interactions: 8 interactions with chain M Hydrophobic interactions: M:A.40, M:V.38, M:A.40 Hydrogen bonds: M:S.155, M:V.38, M:S.155 Water bridges: M:V.38, M:A.40, M:A.40, M:V.38, M:A.40, M:A.40, M:A.40 U-U.6: 11 residues within 4Å: Chain 3: U.5 Chain 5: A.5 Chain M: N.16, S.17, I.23 Chain N: A.8, A.9 Chain P: R.125, R.131 Chain R: U.8, U.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U.7: 6 residues within 4Å: Chain N: A.5 Chain R: U.5 Chain S: R.125, R.131 Chain U: U.8, U.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U.8: 5 residues within 4Å: Chain U: U.5 Chain V: R.125, R.131 Chain X: U.8, U.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U.9: 5 residues within 4Å: Chain 0: U.8, U.9 Chain X: U.5 Chain Y: R.125, R.131 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U.10: 10 residues within 4Å: Chain 0: U.5 Chain 1: R.125, R.131 Chain 3: U.8, U.9 Chain 4: N.16, S.17, I.23 Chain 5: A.8, A.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U.11: 11 residues within 4Å: Chain 1: N.16, S.17, I.23 Chain 2: A.8, A.9 Chain 4: R.125, R.131 Chain 6: U.8, U.9 Chain B: A.5 Chain i: U.5 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U.12: 6 residues within 4Å: Chain 2: A.5 Chain 6: U.5 Chain 7: R.125, R.131 Chain 9: U.8, U.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U.13: 5 residues within 4Å: Chain 9: U.5 Chain a: R.125, R.131 Chain c: U.8, U.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U.14: 5 residues within 4Å: Chain c: U.5 Chain d: R.125, R.131 Chain f: U.8, U.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U-U.15: 10 residues within 4Å: Chain A: N.16, S.17, I.23 Chain B: A.8, A.9 Chain f: U.5 Chain g: R.125, R.131 Chain i: U.8, U.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available

3 x MG: MAGNESIUM ION(Non-covalent)

MG.16: 3 residues within 4Å: Chain J: N.115 Chain M: N.115 Ligands: PO4.17 No protein-ligand interaction detected (PLIP) MG.19: 2 residues within 4Å: Chain 1: N.115 Ligands: PO4.20 No protein-ligand interaction detected (PLIP) MG.22: 2 residues within 4Å: Ligands: PO4.21 Chain g: N.115 No protein-ligand interaction detected (PLIP)

3 x PO4: PHOSPHATE ION(Non-functional Binders)

PO4.17: 11 residues within 4Å: Chain A: N.115, N.117 Chain D: N.115, N.117 Chain G: N.115, N.117 Chain J: N.115, N.117 Chain M: N.115, N.117 Ligands: MG.16 10 PLIP interactions: 2 interactions with chain A, 2 interactions with chain M, 2 interactions with chain D, 2 interactions with chain J, 2 interactions with chain G Hydrogen bonds: A:N.115, A:N.117, M:N.115, M:N.117, D:N.115, D:N.117, J:N.115, J:N.117, G:N.115, G:N.117 PO4.20: 11 residues within 4Å: Chain 1: N.115, N.117 Chain P: N.115, N.117 Chain S: N.115, N.117 Chain V: N.115, N.117 Chain Y: N.115, N.117 Ligands: MG.19 11 PLIP interactions: 2 interactions with chain S, 2 interactions with chain 1, 2 interactions with chain Y, 3 interactions with chain V, 2 interactions with chain P Hydrogen bonds: S:N.115, S:N.117, 1:N.115, 1:N.117, Y:N.115, Y:N.117, V:N.115, V:N.115, V:N.117, P:N.115, P:N.117 PO4.21: 11 residues within 4Å: Chain 4: N.115, N.117 Chain 7: N.115, N.117 Ligands: MG.22 Chain a: N.115, N.117 Chain d: N.115, N.117 Chain g: N.115, N.117 10 PLIP interactions: 2 interactions with chain 4, 2 interactions with chain g, 2 interactions with chain 7, 2 interactions with chain a, 2 interactions with chain d Hydrogen bonds: 4:N.115, 4:N.117, g:N.115, g:N.117, 7:N.115, 7:N.117, a:N.115, a:N.117, d:N.115, d:N.117

1 x SO4: SULFATE ION(Non-functional Binders)

SO4.18: 2 residues within 4Å: Chain M: F.93, R.95 2 PLIP interactions: 2 interactions with chain M Water bridges: M:G.50 Salt bridges: M:R.95

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Larson, S.B. et al., Satellite tobacco mosaic virus refined to 1.4 angstrom resolution. Acta Crystallogr.,Sect.D (2014)

Release Date

2014-09-10

Peptides

Coat protein: ADGJMPSVY147adg

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

D
B

G
C

J
D

M
E

P
F

S
G

V
H

Y
I

1
J

4
K

7
L

a
M

d
N

g
O

Coat protein

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