- Coordinates
- PDB Format
- Method
- X-RAY DIFFRACTION 2.31 Å
- Oligo State
- homo-20-mer
- Ligands
- 3 x A- A- A- A- A- A- A: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')(Non-covalent)
- 2 x A- A- A- A- A: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')(Non-covalent)
A-A-A-A-A.2: 10 residues within 4Å:- Chain D: T.36, V.38
- Chain R: U.2, U.3, U.4, U.5, U.6
- Chain U: V.38, A.40, S.155
Protein-ligand interaction information (PLIP) not availableA-A-A-A-A.3: 17 residues within 4Å:- Chain E: P.35, T.36, V.38
- Chain F: V.38, R.39, A.40, R.79, S.155
- Chain O: K.11
- Chain T: N.16, S.17, V.19, T.21
- Ligands: U-U-U-U-U.7, U-U-U-U-U.7, U-U-U-U-U.7, U-U-U-U-U.7
Protein-ligand interaction information (PLIP) not available- 2 x A- A- A- A- A- A: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')(Non-covalent)
A-A-A-A-A-A.5: 13 residues within 4Å:- Chain J: T.36, V.38
- Chain K: V.38, A.40, M.76, R.79, S.155
- Ligands: U-U-U-U-U-U-U.9, U-U-U-U-U-U-U.9, U-U-U-U-U-U-U.9, U-U-U-U-U-U-U.9, U-U-U-U-U-U-U.9, U-U-U-U-U-U-U.9
Protein-ligand interaction information (PLIP) not availableA-A-A-A-A-A.6: 5 residues within 4Å:- Chain I: N.16, S.17, T.21
- Chain L: T.36, V.38
Protein-ligand interaction information (PLIP) not available- 3 x U- U- U- U- U: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')(Non-covalent)
U-U-U-U-U.7: 15 residues within 4Å:- Chain E: V.38, A.40, R.79, S.155
- Chain F: T.36
- Chain O: T.13, G.14, N.16, S.17, V.19, T.21
- Ligands: A-A-A-A-A.3, A-A-A-A-A.3, A-A-A-A-A.3, A-A-A-A-A.3
1 PLIP interactions:1 interactions with chain O- Hydrogen bonds: O:R.10
U-U-U-U-U.12: 8 residues within 4Å:- Chain S: T.36, V.38
- Chain X: A.1, A.3, A.4, A.5, A.6, A.7
Protein-ligand interaction information (PLIP) not availableU-U-U-U-U.13: 9 residues within 4Å:- Chain W: V.38, A.40, S.155
- Chain Z: A.4, A.5, A.6, A.7, A.8, A.9
Protein-ligand interaction information (PLIP) not available- 3 x U- U- U- U- U- U- U: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')(Non-covalent)
U-U-U-U-U-U-U.8: 17 residues within 4Å:- Chain I: V.38, R.39, A.40, R.79, S.155
- Chain K: N.16, S.17, V.19, T.21
- Chain P: A.1, A.2, A.3, A.4, A.5, A.6, A.7, A.8
Protein-ligand interaction information (PLIP) not availableU-U-U-U-U-U-U.9: 16 residues within 4Å:- Chain E: N.16, S.17, T.21
- Chain J: V.38, R.39, A.40, R.79, S.155
- Chain K: P.35, T.36
- Ligands: A-A-A-A-A-A.5, A-A-A-A-A-A.5, A-A-A-A-A-A.5, A-A-A-A-A-A.5, A-A-A-A-A-A.5, A-A-A-A-A-A.5
Protein-ligand interaction information (PLIP) not availableU-U-U-U-U-U-U.11: 11 residues within 4Å:- Chain H: P.35, T.36, V.38
- Chain S: N.16, S.17, V.19
- Ligands: A-A-A-A-A-A-A.10, A-A-A-A-A-A-A.10, A-A-A-A-A-A-A.10, A-A-A-A-A-A-A.10, A-A-A-A-A-A-A.10
Protein-ligand interaction information (PLIP) not available- 6 x PO4: PHOSPHATE ION(Non-functional Binders)
PO4.14: 10 residues within 4Å:- Chain A: N.115, N.117
- Chain B: N.115, N.117
- Chain C: N.115, N.117
- Chain D: N.115, N.117
- Chain E: N.115, N.117
9 PLIP interactions:2 interactions with chain C, 2 interactions with chain A, 1 interactions with chain E, 2 interactions with chain B, 2 interactions with chain D- Hydrogen bonds: C:N.115, C:N.117, A:N.115, A:N.117, E:N.117, B:N.115, B:N.117, D:N.115, D:N.117
PO4.19: 10 residues within 4Å:- Chain F: N.115, N.117
- Chain G: N.115, N.117
- Chain H: N.115, N.117
- Chain I: N.115, N.117
- Chain J: N.115, N.117
10 PLIP interactions:2 interactions with chain F, 1 interactions with chain J, 2 interactions with chain H, 2 interactions with chain G, 3 interactions with chain I- Hydrogen bonds: F:N.115, F:N.117, J:N.115, H:N.115, H:N.117, G:N.115, G:N.117, I:N.115, I:N.115, I:N.117
PO4.21: 10 residues within 4Å:- Chain K: N.115, N.117
- Chain L: N.115, N.117
- Chain M: N.115, N.117
- Chain N: N.115, N.117
- Chain O: N.115, N.117
11 PLIP interactions:2 interactions with chain L, 2 interactions with chain K, 2 interactions with chain O, 3 interactions with chain M, 2 interactions with chain N- Hydrogen bonds: L:N.115, L:N.117, K:N.115, K:N.117, O:N.115, O:N.117, M:N.115, M:N.115, M:N.117, N:N.115, N:N.117
PO4.25: 9 residues within 4Å:- Chain S: N.115, N.117
- Chain T: N.115, N.117
- Chain U: N.115, N.117
- Chain V: N.115, N.117
- Chain W: N.117
12 PLIP interactions:2 interactions with chain W, 2 interactions with chain V, 3 interactions with chain U, 3 interactions with chain S, 2 interactions with chain T- Hydrogen bonds: W:N.115, W:N.117, V:N.115, V:N.117, U:N.115, U:N.115, U:N.117, S:N.115, S:N.115, S:N.117, T:N.115, T:N.117
PO4.26: 0 residues within 4Å:- (No contacts)
No protein-ligand interaction detected (PLIP)PO4.31: 0 residues within 4Å:- (No contacts)
No protein-ligand interaction detected (PLIP)- 5 x MG: MAGNESIUM ION(Non-covalent)(Non-functional Binders)
MG.15: 4 residues within 4Å:- Chain A: T.85
- Chain B: E.90, Y.91, I.116
No protein-ligand interaction detected (PLIP)MG.18: 0 residues within 4Å:- (No contacts)
No protein-ligand interaction detected (PLIP)MG.20: 7 residues within 4Å:- Chain H: P.86, Y.91, S.92, A.113, N.115, I.116, T.118
2 PLIP interactions:2 interactions with chain H- Metal complexes: H:N.115, H:I.116
MG.27: 1 residues within 4Å:- Chain V: T.118
1 PLIP interactions:1 interactions with chain V- Metal complexes: V:T.118
MG.28: 4 residues within 4Å:- Chain V: T.82, L.84, S.92, C.147
3 PLIP interactions:3 interactions with chain V- Metal complexes: V:T.82, V:S.92, V:C.147
- 1 x CL: CHLORIDE ION(Non-functional Binders)
- 6 x SO4: SULFATE ION(Non-functional Binders)
SO4.17: 2 residues within 4Å:- Chain F: S.62, A.63
1 PLIP interactions:1 interactions with chain F- Hydrogen bonds: F:A.63
SO4.22: 0 residues within 4Å:- (No contacts)
No protein-ligand interaction detected (PLIP)SO4.23: 0 residues within 4Å:- (No contacts)
No protein-ligand interaction detected (PLIP)SO4.24: 0 residues within 4Å:- (No contacts)
No protein-ligand interaction detected (PLIP)SO4.29: 4 residues within 4Å:- Chain V: K.54, L.99, D.104, N.139
3 PLIP interactions:3 interactions with chain V- Hydrogen bonds: V:N.139
- Water bridges: V:K.54
- Salt bridges: V:K.54
SO4.30: 1 residues within 4Å:- Chain W: T.102
No protein-ligand interaction detected (PLIP)- Links
- RCSB PDBe PDBe-KB PDBj PDBsum CATH PLIP
- Citation
- McPherson, A., Structures of additional crystal forms of Satellite tobacco mosaic virus grown from a variety of salts. Acta Crystallogr.,Sect.F (2021)
- Release Date
- 2021-12-15
- Peptides
- Coat protein: ABCDEFGHIJKLMNOSTUVW
- SMTL:PDB
- SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:A
AB
BC
CD
DE
EF
FG
GH
HI
IJ
JK
KL
LM
MN
NO
OS
GGT
HHU
IIV
JJW
KK
SMTL ID : 7m50.1
Crystallographic structure of a cubic crystal form of STMV grown from ammonium sulfate
Coat protein
Toggle Identical (AGK) Toggle Identical (BCU) Toggle Identical (DIMNST) Toggle Identical (EW) Toggle Identical (FHJV)Related Entries With Identical Sequence
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